2003ൽ എപ്പിസ്ക്കോപ്പൽ സഭയായി മാറിയ ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിന്റെ തലവനായി മാർ അത്തനേഷ്യസ് യോഹാൻ പ്രഥമൻ എന്ന പേരിൽ യോഹന്നാൻ സ്വയം അഭിഷിക്തനായി. അന്നുമുതൽ ഇന്നുവരെ ആരോപണങ്ങളും വിവാദങ്ങളും ഒഴിയാതെ പിന്തുടർന്നു. നിലവിൽ 30 ബിഷപ്പുമാരുള്ള സഭ ഇന്ത്യയിലും വിദേശരാജ്യങ്ങളിലും വേരുറപ്പിച്ചതോടെ ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിന്റെ ആസ്തി ശതകോടിയിലെത്തി. സൂപ്പർ സ്പെഷ്യാലിറ്റി മെഡിക്കൽ കോളേജ്, സ്കൂളുകൾ, കോളേജുകൾ, 20,000 ഏക്കറിലധികം സ്ഥലം എന്നിങ്ങനെ അളവറ്റ സമ്പാദ്യം വിവാദങ്ങൾക്കും അന്വേഷണങ്ങൾക്കും വഴിതെളിച്ചു

തിരുവല്ലയ്ക്കടുത്ത് അപ്പർകുട്ടനാട്ടിൽ ഒരു സാധരണ കുടുംബത്തിൽ ജനിച്ച കടപ്പിലാരിൽ പുന്നൂസ് യോഹന്നാൻ എന്ന കെ.പി. യോഹന്നാൻ ശതകോടികളുടെ ആസ്തിയുള്ളയാളായി വളർച്ച പ്രാപിച്ചത് അതിവേഗത്തിലായിരുന്നു. മെഡിക്കൽ കോളേജുകൾ, വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങൾ തുടങ്ങി കേരളത്തിൽ മാത്രം ശതകോടികളുടെ ആസ്തിയാണ് ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിനുള്ളത്. അദ്ദേഹത്തിനു കീഴിലുള്ള ഗോസ്പൽ ഏഷ്യയ്ക്ക് വിദേശരാജ്യങ്ങളിലും ആസ്തിയുണ്ട്.
കവലകളിൽ സുവിശേഷം പ്രസംഗിച്ച് നടന്ന ഒരു പാസ്റ്റർ മാത്രമായിരുന്ന യോഹന്നാൻ ഓപ്പറേഷൻ മൊബിലൈസേഷൻ എന്ന തിയോളജിക്കൽ സംഘടനയിൽ ചേർന്നതാണ് ജീവിതത്തിൽ വഴിത്തിരിവായി മാറിയത്. ഡബ്ലു.എ ക്രിസ്വെൽ എന്ന വിദേശിയ്ക്കൊപ്പം അമേരിക്കയിൽ വൈദിക പഠനത്തിന് ചേർന്നു. തുടർന്ന് 1978ൽ ഭാര്യയുമായി ചേർന്ന് ടെക്സാസിൽ ഗോസ്പൽ ഫോർ എഷ്യ എന്ന സ്ഥാപനം സ്ഥാപിച്ചു.
ഭാര്യയോടൊപ്പം സുവിശേഷ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ച കെ.പി യോഹന്നാൻ വർഷങ്ങൾ നീണ്ട വിദേശവാസത്തിനുശേഷം 1983ൽ തിരുവല്ല നഗരത്തിനു ചേർന്ന മാഞ്ഞാടിയിൽ ഗോസ്പൽ ഏഷ്യയുടെ ആസ്ഥാനം നിർമ്മിച്ച് കേരളത്തിലെ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു. 
തിരുവല്ല സബ് രജിസ്ട്രാർ ആഫീസിൽ 1980ൽ രജിസ്റ്റർ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന ഒരു സ്ഥാപനമാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഗോസ്പൽ മിനിസ്ട്രി എന്ന സന്നദ്ധ സംഘടന. 1991ൽ ഗോസ്പൽ ഫോർ ഏഷ്യ എന്ന പേരിലും പിന്നീട് രൂപം മാറി.
2003ൽ ആത്മീയ യാത്ര ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ച് എന്ന പേരിൽ ഒരു എപ്പിസ്ക്കോപ്പൽ സഭയായി മാറി. അപ്പോൾ ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിൽ മെത്രാനില്ലായിരുന്നു.പിന്നീട് നിരവധി രാജ്യങ്ങളിൽ ശാഖകളുള്ള സഭയുടെ തലവനായി മാർ അത്തനേഷ്യസ് യോഹാൻ മെത്രാപൊലീത്ത പ്രഥമൻ എന്ന പേരിൽ യോഹന്നാൻ സ്വയം അഭിഷിക്തനായി. സി.എസ്ഐ സഭയുടെ മോഡറേറ്ററായിരുന്ന ബിഷപ്പ് കെ.ജെ. സാമുവലാണ് അദ്ദേഹത്തെ അഭിഷേകം നടത്തിയത്. എന്നാൽ ഇതിനെതിരെ നിരവധി പരാതികൾ ഉണ്ടായി. അൽമായനായ യോഹന്നാന്റെ മെത്രാഭിഷേകം വ്യാജമാണെ ആരോപണവും നിലവിൽ വന്നു. തുടർന്ന് സാമുവലിന് മോഡറേറ്റർ സ്ഥാനം രാജിവെക്കേണ്ടി വന്നു. എന്നാൽ യോഹന്നാൻ മെത്രാൻ തന്റെ സഭയിലേക്ക് കുട്ടിമെത്രാന്മാരെ സ്വയം കൈവെപ്പ് ശുശ്രൂഷ നൽകി വാഴിച്ച് വലിയ മെത്രോപ്പാലീസയായി മാറിയിരുന്നു. എന്നാൽ നിലവിൽ ഉണ്ടായിരുന്ന ആരോപണങ്ങളുടെ ശക്തി ക്ഷയിച്ചു വന്നു. 2017 ൽ ബിലീവേഴ്സ് ഈസ്റ്റേൺ ചർച്ച് ആയി മാറി. ഇതിന് ഇന്ത്യയിലെ വടക്കു കിഴക്കൻ സംസ്ഥാനങ്ങളിലും നേപ്പാളിലും ശക്തമായ സാന്നിധ്യമുണ്ട്. നിലവിൽ സഭയിൽ 30 ബിഷപ്പുമാരുണ്ട്.
ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിന് ഇപ്പോൾ ശതകോടികളുടെ ആസ്തിയുണ്ട്. പത്തനംതിട്ട ജില്ലയിലെ തിരുവല്ലയിൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന ബിലീവേഴ്സ് സൂപ്പർ സ്പെഷ്യാലിറ്റി മെഡിക്കൽ കോളേജാണ് സ്ഥാപനങ്ങളിൽ പ്രധാനമായത്. തിരുവല്ല, തൃശൂർ എന്നിവിടങ്ങളിൽ സഭയ്ക്ക് റെഡിഡൻഷ്യൽ സ്കൂളുകളുണ്ട്. റാന്നി പെരുനാട് കാർമൽ എൻജിനീയറിങ് കോളേജ് കാർമൽ ട്രസ്റ്റിൽ നിന്നും ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ച് വാങ്ങി. ആത്മീയ യാത്രയെന്ന പേരിലുള്ള സ്വന്തം ടെലിവിഷൻ ചാനൽ ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും പിന്നീട് നിർത്തലാക്കി.
കേരളത്തിൽ അങ്ങോളമിങ്ങോളമായി ഇരുപതിനായിരം ഏക്കറിലധികം സ്ഥലം വിവിധ ട്രസ്റ്റുകളുടെ പേരിലായി സഭയ്ക്കുണ്ട്. ബിലീവേഴ്സിന്റെ മാതൃസംഘടനയായ ഗോസ്പൽ ഏഷ്യയുടെ പേരിലും വിവിധയിടങ്ങളിലായി 7000 ഏക്കറിലധികം ഭൂമിയുണ്ട്. ഹാരിസൺ മലയാളത്തിൽ നിന്നും ബിലീവേഴ്സ് വാങ്ങിയ എരുമേലിക്കടുത്ത ചെറുവള്ളി എസ്റ്റേറ്റ് എന്ന 2263 ഏക്കർ ഭൂമി നിർദ്ദിഷ്ട ശബരിമല വിമാനത്താവളത്തിനായി സർക്കാർ ഏറ്റെടുത്തെങ്കിലും ഹൈക്കോടതി റദ്ദാക്കിയിരുന്നു.
കെ.പി.യോഹന്നാന്റെ കീഴിലുള്ള സംഘടനകൾ വിദേശനാണയ വിനിമയച്ചട്ടം ലംഘിച്ച് സംഭാവനകൾ സ്വികരിക്കുന്നുവെന്ന ആരോപണത്തേത്തുടർന്ന് 2012ൽ ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിനെതിരെ സർക്കാർ അന്വേഷണം പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നു. 1990 മുതൽ 2011 വരെ 48 രാജ്യങ്ങളിൽ നിന്നായി രണ്ട് ട്രസ്റ്റുകൾക്കുമായി 1544 കോടി രൂപ ലഭിച്ചെന്നായിരുന്നു കണ്ടെത്തൽ. ഈ പണം ഉപയോഗിച്ച് 19,000 ഏക്കർ ഭൂമിവാങ്ങിക്കൂട്ടിയതായും സംസ്ഥാനത്തിനകത്തും പുറത്തും വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങൾ, കെട്ടിടസമുച്ചയങ്ങൾ എന്നിവ നിർമ്മിച്ചതായും കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. വിദേശ സംഭാവനകളുടെ സ്വീകരണം, ക്രയവിക്രയം എന്നിവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് വിവിധ വിദേശരാജ്യങ്ങളിലും ബിലീവേഴ്സ് ചർച്ചിനെതിരെ പരാതി ഉയർന്നിട്ടുണ്ട്.
2020ൽ കേന്ദ്രസർക്കാർ സഭയ്ക്കെതിരെയും യോഹന്നാനെതിരെയും ആരംഭിച്ച അന്വേഷങ്ങൾ ഇന്നും തുടർന്നുകൊണ്ടിരിക്കെയാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ വിയോഗവും.